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细读日记，我们还可以看到，思想自由，是当时澄衷学堂另一个重要的软环境，这对胡适以及他的同学的思想健康发展无疑是一个必不可少的文化环境。思想自由与高度自治又是相辅相成的两面，也就是说，没有思想自由就必没有高度自治，唯有高度自治才能促进思想自由。
对一次集益会的活动，胡适有这样一段详细的记录：
余君演说，提议会员不到会逾三次者即令出会之法。众皆赞成。继白雅余（注，当为“雨”，即白雅雨先生。）先生演“泰否二字之义”。继由汪立贤君演说南昌教案，言佛教入中国千年无教案，景教一入则教案纷起，病民祸国云云。继严君佐慎演说光学，李君世桂演说算术九试法。余闻诸君演说，辄生无数感情，乃登台演说，总论各人之演说，于余君则深明法律与道德之关系，并以治己治人及被治于人之义相勖。于汪君则就佛教景教上发一爱国之论，谓佛教无国力保护之故不敢生事，近世景教则一教士俨然一国也，故敢生事。于严君则辨其“隔墙不能见光为光线屈折之故”为反光线反射之故。于李君则加说“七试”法。皆深得会员欢迎云。（4月13日）
这次活动，有四人演说。白雅雨，前文已经说过，是随蔡元培加入光复会、同盟会、在辛亥革命中英勇牺牲的那位教师。余君，提出“不到会逾三次者即令出会”的立法性建议，对此，胡适从“法律与道德”和“治己治人及被治于人”的高度加以阐发。特别是对刚发生的“南昌教案”（1906年2月15日，南昌发生群众毁教堂、杀教士事件。2月22日，南昌知县江召棠拒绝法国天主教南昌主教要求扩大传教特权而被杀。对此，晚清政府是对内镇压对外赔偿了结此事）学生汪立贤作了如此独到的分析，胡适则从爱国的角度加以提炼。这些，若没有自由思想之环境，是断不能出现的。
4月25日，江苏学政来澄衷视学。是日，胡适的日记是：
江苏学政唐春卿来此视学。方其将抵沪上也，江苏学会开会以欢迎之，未尝不郑重其事也。顾唐之视学，实徒事虚文，他校吾不知，彼之来本校，除吃午膳外，惟一至小学各斋一观（吾却未一睹其面），及略观诸生文课耳，而乃贸贸然评曰：“精神畅足，形式完美”。噫！吾不知其何所见而至然也。（闻之郭君，唐之至西成小学也，见其成绩，只有英文字课，则大抵曰翻译略有门径云云。噫！可笑可怜，乃至于此！）
一个15岁的学生（也就是相当于现在的初三学生吧）对当时教育官场上的事看得如此之透彻，没有平时自由之思想，何能为之？接下来的一件事，是胡适愤然离开澄衷的关键。事颇复杂，日记连续四天细细加以记录：
（1）今日天气极热，本校夏操服尚未办就，佥欲请罢操。余为言于林仲希先生（监起居），先生谓可着旧夏操衣。余往检之，则复少十件。遂不能操，及时遂相率入本斋温课。而林先生及白振民先生忽来诘责，予以“天热”复之。白先生怒甚。谓余聚众要挟。时东一斋亦不操，白乃曰：“东一不操，西一担其责；西一不操，胡洪骍担其责”，遂去。意欲重罚为首之人。后以杨师之言乃止。复欲补操，时天小雨初晴，热少退，学生遂补操。寻白复出一牌曰：“胡洪骍、赵敬承（东一班长）不胜班长之任，应即撤去。”夫此事惟“先未告白振民先生”，是为余罪。至此外罪名均非所甘认。若不胜任班长，则每斋班长四人，余乃其副中之副也。惟余近亦不愿任事，荒工课，故亦不与辩。夜间闻余君言，总教谓君强辩，谓上午托言不能操而下午却能补操，且操后何以不病也。予时适作一书与白，陈述上午之情形及其原因，因即引余君之言略加辩白。惟书中之意，固不生重此数语也（5月16日）
（2）余昨夜寄白之书，白览毕竟以予所引余君言来诘，气焰甚盛。谓予曰“此语我未尝说，你从何处得来？若是教习说的，我难退教习；学生说的，我开除学生。”予告以闻之余君。白曰：“我不曾对余成仁说胡洪骍一个字，可澄也。”予询之余君，则谓“此乃我解释白总教之意之语，惟他说不曾对我说君一个字，此则大谬。彼实说君遁词也。”后二人对质时，白乃改口曰：“吾实说你，但无病不病之语耳。”予以为